一、对以消化不良为表现的病人要与消化性溃疡、返流性食管炎、胃炎、慢性胰腺炎等鉴别。
二、肌层型常可发生肠梗阻,要注意除外胃肠肿瘤和肠道出血性疾病等。
三、嗜酸性粒细胞增多症是一种病因未明的全身性疾病,它也可累及胃肠道,60%累计肝脏,14%累及胃肠道,弥漫性嗜酸粒细胞性胃肠炎除胃肠道外,常有50%累及胃肠道外的器官。
四、肠道寄生虫感染可引起各种非特异性消化道系统症状,同时出现外周血嗜酸性粒细胞增多。反复检查粪便、虫卵可以鉴别。
五、支气管哮喘、过敏性鼻炎、荨麻疹,除可有外周血嗜酸性粒细胞增高外,各有其临床表现。
六、嗜酸性肉芽肿主要发生在胃、大小肠,呈局限性包块,外周血嗜酸性粒细胞一般不升高,病理学特点为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。
七、如变态反应性肉芽肿病和结节性多动脉炎,其他结缔组织病,如硬皮病、皮肌炎和多发性肌炎,可累及胃肠道出现腹痛、消化不良等症状。可出现不同程度的外周血嗜酸性粒细胞增多,小肠黏膜活检有助于鉴别诊断。