系统性红斑狼疮临床表现症状多样，早期症状往往不典型可以出现全身各系统的症状，活动期患者大多数有全身症状，90%的患者在病程中出现各种热型的发热，有以低中热为常见。此外，还有疲倦，乏力，体重下降等，皮肤的表现为皮疹，包括颊部的蝶形分布的红斑，盘状红斑，掌指部和甲周红斑，指端缺血面部及躯干皮疹，其中以鼻梁及双颧颊部成蝶形分布的红斑最具特征性。
半数以上的患者在急性期可以出现多发性的浆膜炎，包括双侧中小量的胸腔积液，中小量心包积液等，肌肉关节的表现为关节痛是最常见的症状之一，出现在指，腕，膝关节伴红肿者比较少见，常出现对称性的多关节疼痛肿胀，28%到70%的系统性红斑狼疮患者病程中会出现临床肾脏受累的情况，可以表现为蛋白尿，血尿，管型尿，水肿，高血压甚至肾衰竭，心脏方面可以出现心包炎，可为纤维蛋白性的心包炎或者是渗出性心包炎，但心包填塞比较少见。
神经系统的方面，中枢神经系统表现为无菌性脑膜炎，脑血管病变，脱髓鞘综合征，狼疮性头痛，运动障碍，脊髓病，癫痫，急性意识错乱，焦虑状态，认知功能减退，情绪障碍及精神病等。
消化系统可以表现为食欲减退，腹痛，呕吐，腹泻或者是腹水等，部分患者的腹部的症状为首发症状，血液系统可以表现为血红蛋白下降，白细胞或者是血小板减少比较常见，约15%的系统性红斑狼疮患者有眼底的变化，比如出血，水肿，视网膜渗出等。
