发病三到五天内的患者处于血栓急性期，如果没有出血，可以用rt-PA进行溶栓治疗。这种治疗方法简便易行，通过静脉输液就可以实施溶栓治疗。
研究发现静脉窦血栓发病三到五天是最佳治疗时机，但是大部分患者在发病初期常常将不适症状当成感冒，或将身体不适归结为劳累所致，结果延误救治，耽误静脉溶栓治疗时机。超过90%的脑静脉窦血栓形成，患者发病需要超过五天才来就诊，这时血栓已经开始收缩变硬，单纯用rt--PA溶栓治疗效果不好，甚至会诱发脑出血。
对于发病时间超过五天的患者，一般进行血管内溶栓治疗，经静脉穿刺后，把导管置入到静脉窦血栓里面，泵注溶栓制剂，这样提高局部溶栓药物的浓度，能更好的把血栓溶开。
发病时间超过两周以上的患者，血栓已经非常硬，可以采用机械碎栓的方法，把血栓搅碎，并且一边搅碎一边打溶栓药。
对于发病超过三周的患者，溶栓治疗根本无效，需要把血栓搅碎，并用抽吸的方法把血栓抽干净，因为机化或钙化的血栓很坚硬，往往需要配合应用球囊或支架进行血管形成型。
介入治疗常常是多种方法连用，比如可以用搅碎或溶栓的方法，还可以用抽吸或血管形成的方法，综合起来把静脉窦血栓清除出体内，恢复静脉窦通畅，改善脑组织的动静脉循环时间。
