大多数的反应性关节炎病人在发病后两到六个月后都可以完全从开始发病时的状态中得到解脱,并且可以回到正常的生活中去,在这些病例中有时关节炎的症状可能要持续一年之久。虽然这些症状比较轻微并可能不会影响到日常生活,大约有20%的反应性关节炎病人会遗留有慢性的关节病但通常并不会很重。
研究表明有15%到50%的病人可能在关节症状消失后的某一时间过去的关节炎会表现卷土重来。后者的出现有可能是重新发生感染的结果,背痛和关节炎是再次可能重复出现的最普遍症状。有一些病人的关节炎表现难以治疗形成慢性病程并造成严重的关节损害,背痛综合征的反应性关节炎经数月的治疗可自行缓解。如关节炎,脊柱炎反复的发作病程可长达十年,少数病人可因此发生关节强直并主动脉关闭不全,心脏的传导阻滞,iga肾病等。