未分化结缔组织病的治疗是根据患者的病情而有所不同的。对于轻症患者,比如只有皮肤粘膜、肌肉关节受累,患者仅表现为皮疹、口腔溃疡或者关节疼痛以及肌肉酸痛等,可以给予羟氯喹和非甾体类抗炎药物对症治疗。而对于一些重症的或者是病情中度活动的未分化结缔组织患者,则需要应用糖皮质激素和免疫抑制剂进行治疗。一般这类患者都会出现内脏受累,比如消化道、呼吸道、心脏或者是血液系统根据患者受累脏器的严重程不同,选用的激素剂量也不同,而且也需要选择不同的免疫抑制剂。
大多数未分化结缔组织病患者它的病情是较轻的,因为他只有某一种风湿系统的症状,化验相关抗体阳性并不能诊断为某一种具体的疾病,未分化结缔组织病可能是一个独立的疾病,也可能是某个具体疾病,比如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮的早期表现。