大多数十二指肠溃疡患者经过内科治疗后都能好转或治愈，但尚有一部分病人仍需要做外科手术。
第一，目前治疗溃疡病最常用的手术方式是胃全切除术，即切除三分之二到四分之三的远端胃，相当于去除了1/2的壁细胞，并且除了胃窦，远期效果良好，复发率仅2%。但有近期和远期并发症，有些并发症还相当严重，因此壁细胞迷走神经切断术将会逐步取代传统的胃全切除术。
第二，壁细胞迷走神经切断术，仅切断支配壁细胞的迷走神经纤维保留胃窦部位的迷走神经供应。手术后胃排空不受影响，因此不必加做胃引流术。
第三，迷走神经干切断或选择性迷走神经切断术。前者在贲门上方的食管段旁侧切断左右迷走神经干，后者则仅切断支配胃的迷走神经分支，此两类手术术后都可能产生胃潴留，因此有必要加做胃引流手术。
第四，迷走神经干切断加胃窦切除术，即切走切断迷走神经干加远端半胃进行切除。
十二指肠溃疡手术要严格注意手术指征。
第一，十二指肠溃疡合并严重并发症者，如大出血，穿孔，顽固性疼痛，可以手术。
第二，内科治疗无效，如果经过严格的半年以上的内科治疗，仍然不缓解，严重影响生活和工作的建议手术。
第三，经过x线证实，十二指肠溃疡龛影比较大，球部有严重畸形或溃疡已经穿透至邻近器官者建议手术。
第四，过去有穿孔、大出血或幽门梗阻病史者，虽然经过治疗症状仍然严重的建议手术。
